Les sites Natura 2000 – issus de la réglementation européenne – dont l’objet  est de préserver les habitats naturels et les espèces animales et végétales couvrent 7 millions d’hectares représentent plus de 12 % du territoire métropolitain. En raison de leur fragilité, ils sont soumis à des mesures de protection adaptées, sachant que les projets et les programmes susceptibles de les affecter doivent contenir une évaluation de leurs incidences sur ces sites. Aussi, afin de se conformer aux objectifs de la directive 92-43 du 21 mai 1992 (concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore) et d’éviter une nouvelle procédure en manquement contre l’Etat français (cf. CJCE, aff. C-241/08, Commission c/ République française.), l’article 13 de la  loi n° 2008-757 du 1er août 2008 relative à la responsabilité environnementale a  créé une procédure d’évaluation préalable des incidences sur les sites Natura 2000 pour un certain nombre d’activités encadrée par un régime administratif d’autorisation, d’approbation ou de déclaration participant d’une législation distincte du réseau Natura 2000. Reste que la transposition a été jugée insatisfaisante : cf. CJUE, 4 mars 2010, aff. C-241/08, condamnation qui a été suivie de l’adoption du décret n°2010-365 du 9 avril 2010 relatif à l’évaluation des projets susceptibles d’avoir des incidences sur les sites Natura 2000 Codifiées à l’article L. 414-4 du code de l’environnement, tel que modifié par la loi n° 2010-788 du 12 juillet 2010 portant engagement national pour l’environnement, les dispositions législatives étendent l’évaluation requise aux activités non soumises à encadrement dont la liste locale est fixée par l’autorité administrative (par référence à une liste nationale établie par  décret en Conseil d’Etat). Par ailleurs, désormais, tout document de planification, programme ou projet ainsi que manifestation ou intervention susceptible d’affecter de manière significative un site Natura 2000 et qui ne figure pas sur les listes mentionnées fait l’objet d’une évaluation des incidences Natura 2000 sur décision motivée de l’autorité administrative. Le décret n° 2011-966 du 16 août 2011 relatif au régime d’autorisation administrative propre à Natura 2000, entré en vigueur le 19 août 2011, met en oeuvre ces dispositions : il dresse un tableau national de référence  (assorti de seuils et restrictions) des documents de planification, programmes ou projets ainsi que des manifestions et interventions ne relevant pas d’un régime d’autorisation, d’approbation ou de déclaration (art. R 414-27 du CE).  La liste nationale  comporte 36 documents de planification, programmes ou projets manifestations ou interventions parmi lesquels sont placées les éoliennes dont la hauteur du mât et de la nacelle au dessus du sol est inférieure à 12 mètres ou les ouvrages de production d’électricité à partir de l’énergie solaire installés sur le sol dont la puissance crête est inférieure à 3 kilowatts et dont la hauteur maximum au-dessus du sol ne peut pas dépasser 1.80 mètre lorsque la réalisation est prévue en tout ou partie à l’intérieur d’un site Natura 2000. De plus, le décret n° 2011-966 décrit la procédure applicable pour les personnes visées par l’article L. 414-4-IV qui doivent solliciter une autorisation préfectorale avant d’élaborer un document de planification, réaliser un programme ou un projet, organiser  une manifestation ou procéder à une intervention dans le milieu naturel et le paysage qui ne relève pas d’un encadrement direct de la législation Natura 2000 mais figurent sur la liste locale arrêté par l’autorité préfectorale (art. R 414-28 du CE).  Le dossier de demande, instruit par l’autorité préfectorale qui a établi la liste locale, doit comporter une évaluation des incidences Natura 2000. Quant aux documents de planification, programmes ou projets ainsi que manifestations ou interventions susceptibles d’affecter de manière significative un site Natura 2000 et qui ne figurent pas sur une liste (art L. 414-4 IV bis), ils sont soumis à une évaluation des incidences Natura 2000 sur décision motivée de l’autorité administrative qui n’est autre que celle compétente pour autoriser, approuver ou recevoir la déclaration (art. R. 414-29 du CE). Pour conclure, l’on doit constater de manière bien plus générale que l’on assiste à  un mouvement d’extension des procédures d’évaluation auquel doivent être attentifs les promoteurs de projets éoliens. Face au durcissement de la réglementation, les évaluations doivent être strictement menées et le choix de l’implantation des éoliennes mûrement réfléchi. D’autant que dans un récent arrêt de la CJUE du 21 juillet 2011 ( aff. C 2-10), la cour a admis que les directives habitat (92/431/CEE) et oiseaux (79/409/CEE) ne s’opposaient pas à l’instauration d’une réglementation interdisant l’installation d’aérogénérateurs non destinés à l’autoconsommation sur des sites appartenant au réseau Natura 2000, sous réserve cependant du respect des principes de non-discrimination et de proportionnalité. Patricia Demaye-Simoni Maître de conférences en droit public