Fonction publique : précisions du Conseil d’État sur le congé spécial et la rémunération
Par Frank ZERDOUMI, juriste (Green Law Avocats)
En droit de la fonction publique, le congé spécial est un congé très particulier, correspondant à une sorte de position fonctionnelle hybride. Il permet à certains cadres d’être dégagés de leurs obligations et s’illustre par des situations très diverses.
Différents textes ont ainsi prévu et organisé cette position dite de congé spécial, permettant d’absorber les surnombres provoqués par l’intégration dans les corps métropolitains de personnels d’outre-mer et d’écarter certains agents dont le loyalisme apparaissait insuffisant.
À l’expiration de ce congé, l’intéressé qui ne peut être réintégré est mis à la retraite.
Le sieur B était agent territorial, titulaire du grade d’ingénieur en chef au 9ème échelon.
Jusqu’au 31 août 2019, il a exercé les fonctions de Directeur Général des Services du Syndicat de gestion des énergies de la région lyonnaise.
À compter du 1er septembre 2019, il a été mis en position de congé spécial.
Le 5 septembre 2019, le Président de cet organisme public a pris un arrêté par lequel il a fixé les éléments de sa rémunération pendant son congé. Monsieur B a déposé un recours gracieux contre cet arrêté.
Le 9 décembre 2019, ce recours a été rejeté. Monsieur B a donc saisi le Tribunal administratif de Lyon.
Le 30 juin 2021, le Tribunal administratif de Lyon a annulé l’article 4 de l’arrêté du Président du Syndicat du 5 septembre 2019, ainsi que la décision de rejet du 9 décembre 2019, et a enjoint au Président de réexaminer la situation du requérant afin de le faire bénéficier de la rémunération à laquelle il peut prétendre dans un délai de deux mois à compter de la notification du jugement. Le Syndicat a interjeté appel.
Le 29 juin 2023, la Cour administrative d’appel de Lyon a annulé ce jugement, au motif que les modalités de calcul de la rémunération de l’intéressé durant son congé spécial devaient se référer à l’indice perçu au titre de l’emploi fonctionnel qu’il a précédemment occupé. De plus, elle a rejeté la demande de Monsieu B devant le Tribunal administratif.
Ce dernier s’est donc pourvu en cassation contre cet arrêt devant le Conseil d’État, afin d’obtenir l’annulation de l’arrêt de la Cour et le rejet de l’appel du Syndicat.
L’article 4 de l’arrêté du 5 septembre 2019 est-il légal ?
Le Conseil d’État a répondu à cette question par l’affirmative, apportant ainsi quelques précisions quant aux modalités de calcul de la rémunération d’un fonctionnaire pendant un congé spécial (décision commentée :CE, 18 juillet 2025, n° 487705 ).
L’article L. 544-10 du Code général de la fonction publique dispose que :
« Une collectivité ou un établissement peut accorder un congé spécial, sur sa demande, à un fonctionnaire territorial occupant un emploi fonctionnel de direction mentionné à l’article L. 412-6.
Cette possibilité n’est pas ouverte lorsqu’un fonctionnaire territorial de la collectivité ou de l’établissement en bénéficie déjà. »
Le Conseil d’État a d’abord cité les textes de référence :
« L’article 99 de la loi du 26 janvier 1984 portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique territoriale, applicable au litige et repris en substance aux articles L. 544-10 et suivants du code général de la fonction publique, dispose que « Les collectivités ou établissements dans lesquels des fonctionnaires territoriaux occupent un emploi fonctionnel visé à l’article 53 ont la faculté d’accorder, sur demande des intéressés, un congé spécial d’une durée maximale de cinq ans dans des conditions fixées par décret », et prévoit que le fonctionnaire bénéficiant d’un tel congé spécial est admis à la retraite à l’expiration de ce congé ou au plus tard à la fin du mois au cours duquel il réunit les conditions requises pour obtenir une pension à jouissance immédiate à taux plein. Aux termes de l’article 8 du décret du 6 mai 1988 pris pour l’application de ces dispositions : « I. – L’intéressé perçoit, pendant le congé spécial, une rémunération égale au montant du traitement indiciaire atteint à la date de la mise en congé, majoré du montant de l’indemnité de résidence et, s’il y a lieu, du supplément familial de traitement (…) » (décision commentée : CE, 18 juillet 2025, n° 487705, point 2 ).
La Haute Juridiction a ensuite exposé le principe :
« En vertu des dispositions citées au point 2, la rémunération due pendant le congé spécial, position dans laquelle le fonctionnaire n’exerce plus les fonctions liées à l’emploi fonctionnel qu’il occupait précédemment, est déterminée par rapport au grade et à l’échelon détenus par le fonctionnaire dans son cadre d’emplois d’origine à la date de sa mise en congé spécial, et non par l’indice obtenu dans le dernier emploi fonctionnel occupé » (décision commentée : CE, 18 juillet 2025, n° 487705, point 3 ).
Enfin, le juge administratif a mis ce principe en perspective avec les circonstances de l’espèce :
« Il ressort des pièces du dossier soumis aux juges du fond que le détachement de M. B sur l’emploi fonctionnel de directeur général des services du SIGERLy a pris fin le 31 août 2019, date à laquelle il a été automatiquement réintégré dans son cadre d’emplois d’origine, puis placé en congé spécial, à sa demande, à compter du 1er décembre 2019. Il découle de ce qui a été dit au point 3 que dans cette dernière position, M. B ne pouvait percevoir, selon les dispositions précitées de l’article 8 du décret du 6 mai 1988, qu’une rémunération égale au montant du traitement indiciaire correspondant au grade et à l’échelon détenus dans son cadre d’emplois d’origine. Dès lors, c’est sans erreur de droit que la cour administrative d’appel de Lyon a jugé que c’était à tort que le Tribunal administratif de Lyon avait annulé l’article 4 de l’arrêté du 5 septembre 2019 au motif que les modalités de calcul de la rémunération de M. B durant son congé spécial devaient se référer à l’indice perçu au titre de l’emploi fonctionnel qu’il avait précédemment occupé » (décision commentée : CE, 18 juillet 2025, n° 487705, point 4 ).
La rémunération des cadres qui occupent un emploi fonctionnel est généralement assez confortable, ce qui peut donner lieu à quelques litiges en cas de rupture du lien de confiance.
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